Počátky města jsou úzce spjaty s nedalekou vesnicí Klášter Hradiště nad Jizerou, kde byl na místě staroslovanského hradiště kolem roku 1145 založen cisterciácký klášter. V polovině 13. století založili mniši své vlastní poddanské městečko a vybrali si místo, kde se křížily cesty mladoboleslavská, turnovská a jičínská. Nejstarší písemná zmínka o městě pochází z roku 1279, kdy klášter navštívila královna Kunhuta. Protože však byla žena, nemohla pobývat v klášteře a mniši ji pohostili v městečku Hradiště.

O počátcích města toho mnoho nevíme. Nazývalo se stejně jako klášter Hradiště, později Hradiště nad Jizerou, Hradiště Mnichové, až v polovině 19. století převládl název Mnichovo Hradiště. Městečko bylo ve svých počátcích nevelké, nehrazené, rozkládalo se v oblasti dnešního náměstí, mělo převážně zemědělský ráz. Samotný klášter se však mohutně rozrůstal.

Za husitských válek byl však klášter vypálen a již nikdy nebyl obnoven. Společně s klášterem tehdy lehlo popelem i městečko Hradiště. Majetek kláštera si poté rozdělily okolní šlechtické rody. Město následně často střídalo majitele. V roce 1468 bylo město napadeno lužickými žoldnéři, znovu zničeno a vypáleno. Na konci 16. století získali Mnichovo Hradiště Budovcové z Budova.

Nejvýznačnějším členem tohoto rodu byl Václav Budovec z Budova, jenž udělil hradišťským měšťanům další privilegia, osvobodil je od stálých platů a robot a postavil honosný renesanční zámek. Po jeho smrti připadlo panství známému vojevůdci Albrechtu z Valdštejna, jenž je i v kapli sv. Anny pochován. V majetku jednotlivých členů rodu Valdštejnů zůstalo město až do roku 1945. 

Velkou událost zažilo město v roce 1833, kdy se zde konala jedna z posledních schůzek Svaté aliance. Kristián z Valdštejna zde tehdy hostil rakouského císaře Františka, ruského cara Mikuláše a pruského korunního prince Bedřicha Viléma.

Rok 1948 znamenal politické změny a s nimi související znárodnění veškerých podniků ve městě a likvidaci soukromých řemeslných dílen. Od počátku 50. let se začala rozvíjet automobilka LIAZ, která zaměstnávala více než 2000 lidí, závod Severka na výrobu dětských oděvů, Fruta, chemická čistírna, cukrovar. Další desetiletí pak byla ve znamení rozvoje bytové výstavby, ale také kulturních a sportovních zařízení.

Po roce 1989 zanikly nejvýznamnější závody ve městě, postupně však začaly vznikat firmy nové, orientující se na výrobu doplňků pro podnik Škoda Auto Mladá Boleslav, např. MAHLE Behr. Dále zde má výrobní závod firma Kofola i řada dalších menších výrobních objektů.

Nejvýznamnější historickou památkou zůstává areál státního zámku, ale i ve městě je možno zhlédnout řadu zajímavých staveb. Ne nadarmo bylo centrum města vyhlášeno městskou památkou zónou.